1. 农业防治 管好肥水，既可促进稻株健康生长，又能有效地控制纹枯病的危害程度，是防病的关键措施之一。根据水稻的生长特点，合理排灌，以水控病，贯彻“前浅、中晒、后湿润”的用水原则，既要避免长期深灌，也要防止晒田过度。另外，要注意氮、磷、钾等肥料的合理搭配施用，有条件的地方应以农家肥为主，化学氮肥应早施，切忌水稻生长中、后期大量施用氮肥。
2. 化学防治 根据病情发展情况，及时施药，控制病害扩展，过迟或过早施药防治效果均不理想。一般水稻分藥末期丛发病率达15%,或拔节到孕穗期丛发病率达20%的田块，需要用药防治。前期（分藥末期）施药可杀死气生菌丝，控制病害的水平扩展；后期（孕穗期至抽穗期）施药可抑制菌核的形成和控制病害的垂直扩展，保护稻株顶部功能叶不受侵染。每公顷喷施40〜60mg/L的井冈霉素药液1100kg。其他有效药剂有多菌灵、甲基硫菌灵、菌核净等。
4. 生物防治 利用颉放微生物防治纹枯病是一个很有前途的发展方向。近年来，先后发现了一些对水稻纹枯病菌有颉放作用的真菌和细菌。颉顽真菌有青霉属、镰泡属及木霉属的一些种；颉放细菌有假单胞菌属和芽抱杆菌属的一些种及其近似种等。但这些颉倾微生物用于纹枯病的生物防治目前尚处于试验阶段。
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