春耕灌水耕耙后，越冬菌核漂浮于水面。插秧后菌核随水漂流附着在稻株基部叶鞘上，在适温、高湿条件下，萌发长出菌丝，在叶鞘上延伸并从叶鞘缝隙进入叶鞘内侧，先形成附着胞，然后通过气孔或直接穿破表皮侵入。潜育期少则1〜3d,多则3〜5d。病菌侵入后,在稻株组织中不断扩展，并向外长出气生菌丝,蔓延至附近叶鞘、叶片或邻近稻株进行再侵染。一般在分藥盛期至孕穗期，主要在株、丛间横向扩展（称水平扩展），导致病株（丛）率增加。孕穗后期至蜡熟前期，病部由稻株下部向上部蔓延（称垂直扩展），病情严重度增加。病部形成的菌核脱落后，也可随水流漂浮附着于稻株基部，萌发后进行再侵染。经特殊的人工接种，担孢子可侵染并引起发病，但在自然情况下，担孢子的传病作用不大。
图--水稻纹枯病病害循环
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